A raíz de estos hechos las relaciones entre Argentina y Chile se volvieron muy tensas y ambos países trataron de buscar una solución por vía diplomática, pero no condujeron a ninguna conclusión. El diputado Félix Frías, en la sesión del 9 de junio de 1876, volvió a insistir en la Cámara de Diputados: “Es preciso que la jurisdicción argentina se restablezca en la margen derecha (sur) del río Santa Cruz antes que cierre el Congreso sus Sesiones del presente año; es preciso que haya allí una autoridad nuestra, que la bandera argentina flamee allí”.
Apenas un mes después volvió a la carga: “La bandera argentina hades aparecido, desde que un buque chileno llevó a Punta Arenas al oficial encargado de guardarla; el asta en que ella se izaba ha sido arrancada de la casilla construida para el empleado argentino; y en su lugar flamea la bandera chilena en la que construyeron hace dos años los chilenos a corta distancia”.
Esta situación llegó a su máxima tensión en 1878 cuando una cañonera chilena apresó un buque norteamericano, el Devonshire, que cargaba guano en la caleta de Monte León con autorización de la aduana argentina.
El hecho significaba un atropello a la soberanía de nuestro país y la reacción del presidente Avellaneda fue inmediata y enérgica: ordenó al Ministro de Guerra y Marina, general Julio A. Roca, alistar la modesta escuadra y tomar posesión de ambas márgenes del río Santa Cruz. La expedición naval fue puesta bajo la jefatura del comodoro Luis Py quien enarboló su insignia en monitor. Al dar la orden de zarpada Roca expresó: “El territorio argentino no acaba en el río Negro: al Sud de nuestra línea de ocupación actual, la Patagonia nos brinda todavía territorios fértiles donde el labrador extranjero, enriqueciéndose a la sombra de nuestra bandera, vendría a hacerse un aliado, en elemento de grandeza argentina”.
El 27 de noviembre de 1878, con las primeras luces del día comenzaron a remontar el estuario del Santa Cruz y desembarcaron en la margen sur del río, en el paraje denominado Cañadón de los Misioneros. Las casillas donde habían instalado su Capitanía los chilenos se encontraban abandonadas; los chilenos se habían retirado dos días antes por el agravamiento de su situación con Perú y Bolivia. Después de haber acondicionado las instalaciones, el 1º de diciembre se realizó la ocupación oficial de la margen sur del río Santa Cruz con todas las formalidades de estilo. Al promediar la tarde fue desembarcado el destacamento de artillería y en perfecta formación ascendieron el cerro Misioneros; en su cumbre se encontraban ya dispuestos todos los elementos necesarios para la ceremonia. Un tronco de palmera firmemente enterrado porque soplaba un fuerte viento (que es lo común en aquella región) sirvió de mástil. El izamiento de la bandera estuvo a cargo del teniente Carlos Béccar de la plana mayor del LOS ANDES, quien ante las dificultades que creaba el fuerte viento, se trepó hasta la punta del mástil y fijó con clavos la bandera para que el viento no la arrancara. Luego las tropas le rindieron los honores correspondientes.
Fue aquella una ceremonia profundamente emotiva y de histórica trascendencia que aseguró el definitivo dominio argentino en el lugar. Una copa bebida a bordo del LOS ANDES y dos breves alocuciones del auditor Luis de la Fuente y del médico Benjamín Aráoz, fueron todos los festejos que se hicieron, pero quedaba establecido de “una vez por todas la soberanía argentina en el río Santa Cruz y en su territorio”. Poco después fue trasladada a ese lugar la subdelegación de la Prefectura Naval que hasta entonces se encontraba en la isla Pavón a cargo de Carlos M. Moyano.
El 5 de enero de 1879 llegó, con atraso, la corbeta Cabo de Hornos al mando de Piedra Buena. Además de provisiones traía la tranquilizadora noticia de que las negociaciones con el gobierno de Chile habían llegado a un feliz término, por lo que las naves emprendieron el regreso. El presidente Avellaneda tuvo expresiones de elogioso reconocimiento para nuestros marinos que con buques de río habían cumplido a satisfacción su cometido en los agitados mares australes: “En momentos difíciles en que se creyó que la honra nacional se hallaba en peligro por la amenaza de una invasión extranjera, el Poder Ejecutivo dio la orden de formar la primera División de la Escuadra y partir a situarse en el puerto de Santa Cruz. Fue menester improvisarlo todo y, sin embargo, quince días después zarpaba. La prueba a que fueron sometidos nuestros marinos ha sido decisiva. La Nación sabe ya que cuenta con oficiales capaces de conducir sus buques de guerra a través de los mares procelosos y que la bandera de la patria no corre peligro en sus manos”.
El 25 de mayo de 1879 fue celebrado por el personal de la Subdelegación Marítima con austeridad, pero a la vez con patriótico entusiasmo, al mejor estilo patagónico: “asado de guanaco y picana de avestruz, y por vino, a falta de otro, se hizo uso del que trae el río desde la cordillera, que es muy puro y cristalino. La bandera que flamea aquí desde el 1º de diciembre del año pasado, fue saludada con todos los honores de ordenanza”. En su alocución el teniente Moyano destacó la acción cumplida por la Marina de Guerra y cómo una actitud firme y decidida puede transformar un objeto bélico en paz y progreso.
“Patagonia azul y blanca”, de Clemente Dumrauf