El 24/05/1879, el general Roca llegó a Choele Choel y montó allí su base de operaciones. El 09/07/1879 fundó la población a la que llamó Nicolás Avellaneda, en la margen izquierda del río (hoy, Choele Choel).
En un primer momento fue invernadero de la caballada del Ejército y luego reducto para los aborígenes prisioneros. En 1879 contaba con unas 2.000 personas entre soldados y nativos, y en 1891 vivían 300 familias.
Por 1884, el salesiano Milanesio prestó sus servicios en la zona, igual que Bonacina, hasta principios del siglo XX. En ese período, escribe Milanesio a Don Bosco: “Los indios de este campamento, pertenecen a tres distintas tribus; la de Puranán, de Traimán y de Pereira. La población asciende a unas 1.000 personas, y los niños y niñas que frecuentan las dos escuelas fundadas por el comandante llegan a unos 150”.
El 25/01/1892 el gobierno destina la isla grande para la creación de colonias agrícolas, cuando ya podía comunicarse la zona por telégrafo y por ferrocarril desde el 30/06/1898.
Un hecho fortuito le dio la posibilidad de transformarse temporariamente en Capital del territorio: el 27/07/1899, la crecida del río Negro anegó casi todas las poblaciones surgentes del valle, haciendo que se decretara el traslado administrativo a Choele Choel, según decreto del 04/09/1899. Repuesta la infraestructura de Viedma y el ánimo de sus pobladores, se reclamó el recupero de la capitalidad. El ingeniero Cipolletti propuso Choele Choel. Otros sugirieron San Antonio Oeste o Viedma.
En 1903 un grupo de galeses de la Colonia Chubut marcharon a poblar la isla. El principal promotor fue Edward Owen. El gobernador Tello les ofreció una chacra de 240 acres-1 acre = 4,047 m²- como donación del gobierno y en pago por el trabajo de construir un canal para riego. El 09/05/1900 se fundó el Pueblo de Colonia Choele Choel, hoy localidad de Lamarque.
Por 1920, la Dirección de Tierras inspeccionó las islas: “Actualmente, la zona cultivada en la Colonia Choele Choel está circunscripta a la que se encuentra influenciada por el canal llamado de los galeses y la que abarca a lo sumo, unas siete mil hectáreas en la extremidad noroeste de la isla (…) El cultivo dominante es el de la alfalfa (…) Le siguen en importancia, los viñedos y las plantaciones frutales (…) el hecho de que esta parte de la isla esté bajo cultivo y en producción, se debe a la existencia del canal (…) construido por el Gobierno Nacional con la intervención de los colonos Galeses (…)”.
Las críticas de la inspección se centraban en la Cooperativa de Irrigación, formada por residentes en Buenos Aires, interesados en la especulación con las tierras acordadas. Para 1910, disponía de cárcel, Juzgado de Paz y Registro Civil; veinte años después estaban en construcción el edificio para comisaría y nuevas obras para riego y defensa en el río.
Al finalizar el gobierno del doctor Arturo Frondizi, diversas líneas de alta tensión cruzaban por la isla.
La producción frutícola de Choele Choel es una actividad sumamente importante.