Ubicado en la ribera sur del río Santa Cruz, por 1860 los misioneros Hunziker, Gardiner y Schmid se asentaron durante tres meses para catequízar aborígenes tehuelches. Como el intento no prosperó, retornaron a Malvinas, pero esto dio nombre al cañadón.
En 1872, se estableció el industrial Rouquaud con su familia y un centenar de obreros, pero los atentados chilenos desde Punta Arenas también frustraron el ensayo. El cañadón fue abandonado en 1874.
En el sitio quedaron sus construcciones y las levantadas por los chilenos cuando pretendieron ocupar la zona. El gobierno argentino envió a Luis Py al mando de la División Naval Argentina para defender la zona, con la marinería y 100 hombres a las órdenes del mayor Félix Adalid. El 27/11/1878, las naves fondearon y se tomó posesión del cañadón dos días después. La bandera nacional se enarboló el 01/12.
En marzo de 1879, distendida la cuestión con Chile, por abandono de la zona, se levanta la ocupación, dejando constituida la Subprefectura con el teniente Moyano al mando.
En 1887, llega a la zona Carlos Ameghino, y luego dice: “(…) Pasando por la animada población de Misioneros llegamos por la tarde a Las Salinas donde existe el importante establecimiento de Cipriano García (…)”. Ese año también llegó Esteban de Loqui, quien menciona un “grupo de tres casillas de madera y un viejo galpón del tiempo de la pesquería establecida por Rouquaud en 1870”.
En 1893 se decreta la fundación de un presidio, y llegan a Misioneros los elementos y el personal: oficiales, 80 soldados y unos 80 presidiarios. Se edifican dos grandes cuadras para los presos, unas cien casillas, casino para los oficiales, escuela, capilla y plaza de armas; todo delineado en forma de pueblo.
La escuela se funda el 10/12/1894 con la inscripción de 68 varones y 39 niñas.
En 1895, se hace referencia a que el presidio militar se encuentra a unos 5 km de la aldea del mismo nombre (Misioneros); allí viven 60 familias, 104 soldados de tropa y cerca de un centenar de presidiarios.
En poco tiempo, ocurren varias tentativas de sublevación de los reos y de los mismos soldados.
Como consecuencia de la situación imperante, se reciben órdenes del gobierno nacional para disolver el presidio trasladando los penados a la Isla de los Estados y Martín García.
Así es como el histórico cañadón de los Misioneros, después de tan tristes episodios, vuelve al silencio por una década, hasta que Eduardo M. Rojo, instala una grasería que dará por algunos años bastante vida al pueblo, hasta desaparecer.