En 1876, esta corbeta apresa en el puerto de Santa Cruz a la barca Jeanne Amelie. Conducida al estrecho, la barca se pierde sobre las restingas de la punta Dungeness.
En conocimiento de los hechos, el gobierno argentino pidió la sanción contra el comandante de la Magallanes y el pago de los daños y perjuicios, pero Chile contestó que había actuado en zona de su dominio, rechazando la protesta de Buenos Aires.
El gobierno trasandino concluyó por desconocer a la Argentina jurisdicción sobre la Patagonia a partir de la margen sur del río Santa Cruz.
Mientras tanto, la corbeta Magallanes realizó tres exploraciones científicas: una a la Tierra del Fuego, otra a la zona austral de la Patagonia, y una tercera para dar término a los estudios de las aguas de los senos Skyring y Otwai; trabajos condensados por Enrique Ibar Sierra.
Pero en septiembre de 1878, la Magallanes continuaba patrullando la costa argentina, y otra vez en Monte León apresa una nave ocupada en la extracción de guano; ahora es la Devonshire, de bandera estadounidense.
La repetición del atropello colmó la paciencia de los argentinos pues nada justificaba la posición de Chile; su expansión desde el estrecho de Magallanes hasta el río Santa Cruz constituía lisa y llanamente un acto de beligerancia.
Como simultáneamente Chile entró en conflicto con Perú, abandonaron la zona antes que llegara la expedición argentina y se evitó el inminente desenlace bélico.