Llegó, como director de Escuelas, en febrero de 1905, a la aldea de Comodoro Rivadavia, de poco más de 300 habitantes, y el 6 de abril inició las clases con 20 alumnos en edad escolar, en la recién inaugurada Escuela Nacional Nº 24 -primera de la localidad-. Fuera de las horas de clase, enseñó el castellano a hijos de indígenas y de inmigrantes europeos, y auspició la creación de una Escuela de Telegrafía. En 1911 fundó el periódico El Infantil, impreso en hectógrafo, dictó clases a los adultos, propició la fundación de la biblioteca popular Florentino Ameghino, y la creación de una compañía de Boy Scouts Argentinos.
También contribuyó a la fundación de varias escuelas, levantó censos y aconsejó la forma de tramitar su creación, entre otras la N° 2 de YPF, en General Mosconi, establecimiento al que es destinado, junto a su esposa, como maestro y director, luego de que un incendio destruyera su escuela en agosto de 1923; además proporcionó útiles y muebles a las escuelas más apartadas.
Pero las presiones sociales fueron superiores a su tolerancia, y solicitó el pase, que le fue concedido en marzo de 1927, a la Escuela No 3 de la Colonia San Miguel, en Lonquimay, La Pampa. Un comentario en el “Libro de Oro Escuela 24” dice que dos años después regresó a Comodoro Rivadavia: “Pocos días después en el embarcadero de Km 3, se aprestaba a regresar con el espíritu impregnado de recuerdos, felices unos, dolorosos otros, y nos pareció percibir en la tristeza de su mirada la ausencia de calor en la despedida; sólo un ex alumno y un periodista, Juan M. García Olivera se hallaban presentes”.
Esta triste situación no era única en la localidad, ya que hubo otros casos -como con José Fuchs, descubridor del petróleo-, que marcaron la constante del castigo y/o desprecio hacia los esforzados pioneros.
El 11/08/1949 entró al descanso eterno; cuatro años antes lo había hecho su esposa, Jesusa Quiroga de Quiroga. Sobre su tumba, una placa testimonia el cariño de sus alumnos de la escuela de La Pampa.
Un barrio de la ciudad de Comodoro Rivadavia lleva su nombre, y el 24/09/1975, el gobernador del Chubut inauguró el Hogar Estudiantil Isidro Quiroga.