Sus expresiones proclives al desprecio contra los protestantes se manifiesta en una carta que escribiera en 1879 a Don Bosco: “Para mayor desgracia de aquella gente, el único médico que hay en Mercedes de la Patagonia, no sólo es protestante, sino pastor, tiene allí su capilla hace muchos años y no asiste a los enfermos, sino con la condición de que la frecuenten. Existe sólo una escuela para varones y está confiada a un protestante, en consecuencia, estos pobres habitantes están reducidos a la triste necesidad de quedarse sin doctor o mandar por un protestante, que no pierde oportunidad para propagar el error, además de no poder mandar a sus hijos a la única escuela sin peligro de estar expuestos a la seducción del protestantismo. Y lo mismo sucede con los pobrecitos indios libres de colonia San Javier a quienes en su única escuela han puesto un maestro protestante (…).
Con su escuelita de salesianos en Mercedes de Patagones tendría que cerrarse inmediatamente la escuela protestante y lo mismo sucedería en la colonia San Javier”.
El religioso salesiano Raúl Entraigas, refiriéndose a la personalidad del arzobispo dice: “(…) Era Monseñor Aneiros el hombre para la hora gravísima por que pasaba la Iglesia Argentina. Profesor de nuestra Universidad, Vicerrector del Colegio Nacional, periodista, orador, diputado provincial y nacional (…) Era el hombre de la hora, enérgico, decidido, apostólico. No lo arredrarán ni el asalto al Palacio Arzobispal, ni el incendio del Colegio del Salvador, ni el atentado contra su persona en la calle Cuyo, ni las maquinaciones de los impíos, ni las imposiciones del matrimonio civil, secularización de cementerios y enseñanza laica en su país”.
El 19/10/1873, se convirtió en arzobispo de Buenos Aires. Se preocupó ante el gobierno por mejorar la situación del aborigen y mantuvo correspondencia con varios caciques, entre ellos Manuel Namuncurá, quien le pidió que intercediera para que no le quiten los campos de Carhué y que el ferrocarril no siguiera hasta Choele Choel. En 1879, cuando los lazaristas renuncian a la misión en la Patagonia, monseñor Aneiros se la ofrece a los salesianos y nombra en febrero de 1880 cura de Patagones a José Fagnano, y creó en Viedma-capital de la Patagonia-la parroquia Nuestra Señora de las Mercedes, que encargó a otro salesiano.
En 1872 fue candidato a diputado alsinista, y junto a él estaban Bernardo de Irigoyen, Carlos Pellegrini “y otros hombres no muy democráticos” al decir de Enrique de Gandía. Su vida ajetreada lo hizo tener enfrentamientos con los mismos dirigentes salesianos, cuando Juan Bosco decidió crear un Vicariato Apostólico en la Patagonia. Según Cayetano Bruno “eso de un Vicariato Apostólico que le cercenaba parte notable de su arquidiócesis y sustraía a los recién llegados de su jurisdicción nunca fue de su agrado. El estaba dispuesto a darles todo, pero sin que se le escapasen de las manos. (…) Respecto del Vicariato se aferró a la doble objeción de no haber recibido comunicación alguna de Roma, y de que en asuntos de este linaje había que dar intervención al gobierno”. Hay que aclarar que tampoco se le había informado al presidente J. A. Roca de esta decisión.
Textos de Luis B. Colombatto