En 1561 los amaichas estaban firmes al lado de Juan Calchaquí, confederados con otros diaguitas para resistir a los españoles, pero en 1608 fueron encomendados por primera vez y así estuvieron hasta comienzos del siglo XIX. Sin embargo, la habilidad de sus caciques los llevaron a un arreglo bastante favorable con el encomendero: igual que sus vecinos, los tafíes, los amaichas pudieron quedarse en sus tierras sin tener que mudarse a las del español, como solía suceder; a cambio, le mandaban hombres para cumplir con la mita o turnos de trabajo. Era beneficioso para el encomendero porque no tenía que destinarles tierras en la llanura tucumana donde él vivía ni darles de comer a cambio de sus servicios. También era beneficioso para los amaichas porque se mantenían en su territorio.
Durante el último alzamiento diaguita, los amaichas mantuvieron buena relación con el encomendero del momento, a quien siguieron mandando hombres para servirlo en el llano; pero al mismo tiempo se plegaron a los sublevados y pelearon en los cerros. En 1662 los españoles ahorcaron a su cacique Alonso Calimai y entonces los amaichas se retiraron al Valle Calchaquí, donde guerrearon hasta su rendición dos años después. De todas formas su nuevo cacique, a cambio de ser emisario ante los diaguitas que seguían peleando, consiguió cosas importantes: que el grupo conservara su territorio y siguiera viviendo en él, continuara prestando servicios por turno y fuera reconocido como Comunidad Indígena, conservando sus autoridades internas.
Al mismo tiempo lograron que su encomendero les pagara muchos de los trabajos que hacían y, poniendo la diferencia con dinero que obtenían vendiendo las carretas que fabricaban y otros productos, pudieron pagar el tributo y no prestar más servicios personales. De ese modo, mientras otros pueblos diaguitas se extinguían, ellos consiguieron mantener su población hasta el siglo XIX.
Después de la Revolución de Mayo sufrieron reclutamientos forzosos para las guerras civiles y perdieron parte de las tierras porque fueron entregadas a hacendados de Salta y Catamarca que las reclamaban. Pero en 1853 lograron la legalización de sus títulos de propiedad sobre la tierra comunal. La comunidad de Amaicha pudo seguir adelante hasta hoy aunque siguieron teniendo pleitos por sus tierras y todavía los tienen, en la actualidad.
Roxana Boixadós y Miguel A. Palermo (2008) Los diaguitas. Colección La otra historia. Los pueblos originarios.