Fue conocida en un principio como Capitanía General de Puertos, establecida en Buenos Aires en 1756, la que se incorporó como institución de la Patria el 30/06/1810, mediante un decreto que nombraba al coronel Martín Jacobo Thompson como primer capitán de puertos de las Provincias Unidas del Río de la Plata. Por decreto del 31/01/1882 la institución cambió aquella denominación por la de Prefectura.
En la primera mitad del siglo XIX, aparecen antecedentes de su ejercicio en la Patagonia, tanto en Bahía Blanca como en Carmen de Patagones. La Subdelegación Marítima (hoy Subprefectura) de Santa Cruz fue creada el 12/11/1878 instalándose en el cañadón de los Misioneros, quedando a su cargo el teniente Carlos María Moyano.
En 1879, se establece la Subdelegación del Chubut (hoy Rawson), y por decreto del 04/04/1881 se instala la Sub-delegación (actual Prefectura) en Puerto Deseado, constituyendo el primer contingente que pobló el lugar con carácter definitivo.
En 1884, se hace lo propio en la Isla de los Estados -abril- y Ushuaia -octubre-. Sus jefes fueron el capitán Félix M. Adalid y don Alejandro Virasoro y Calvo respectivamente, con el comodoro Lasserre al frente de estas tareas.
El 19/12/1885 se descargaron en Río Gallegos los materiales para iniciar la construcción del edificio de la Subprefectura de dicha zona, y diez años después se creaba la dependencia de Bahía Blanca.
En 1887, se crea la Subprefectura de Puerto Madryn y en 1900 la de San Julián.
A 1903 se remonta la efectiva presencia de la Prefectura en Comodoro Rivadavia, así como la de San Antonio Oeste, a través de Luis Belzuce y Eduardo Cabrera respectivamente.
En 1917, se establece la Ayudantía Marítima de Río Grande, pasando a ser primer jefe de esta dependencia, el Ayudante de 3ra. Ramón Sosa.
Un salto en el tiempo y en las referencias bibliográficas, y el 21/08/1945 se creó la Subprefectura de Caleta Olivia.