En 1887, a su regreso de Chile adonde había acompañado a Mons. Cagliero, el padre Milanesio emprende una extensa gira misionera en compañía del padre Francisco Uribe, franciscano de Chillán. En conocimiento el gobernador de que los misioneros recibían limosnas que los fieles daban espontáneamente, le ordenó perentoriamente que “se abstenga de continuar en ese ejercicio que desacredita el ministerio y se presente aquí a dar cuenta al capellán de la Gobernación de la Misión que le confió con el conforme del Gobernador que firma”.
Al día siguiente de haber recibido esa intimación fue detenido y conducido a Chosmalal. Allí lo encerraron (a los dos sacerdotes y dos catequistas) en un rancho que les servía de cárcel y donde recibieron un trato nada cortés. El primer día ni siquiera les dieron de comer, dormían en el suelo y el techo tenía una abertura “bastante más ancha de lo que aconsejaba el clima invernal de Chosmalal”. Allí estuvieron desde el 1 de setiembre hasta el 22 de noviembre de 1887 cuando al gobernador se le ocumo dejarlos en libertad. El padre Uribe volvió a Chile y el padre Milanesio fue a acompañar al padre Panaro a quien habían instalado en un rancho de barro donde apenas pudo alojar sus pertenencias y objetos de culto.
Es imposible sintetizar en pocas líneas la labor misionera realizada por el padre Milanesio. Es opinión generalizada que fue el más activo y andariego de la primera camada de misioneros. En 1894 Mons. Cagliero le encomendó fundar un centro misionero en Junín de los Andes. Se dirigió a Chile para conseguir los elementos más indispensables. El 16 de diciembre partía desde Temuco con catangos, cargados con toda clase de cosas para el viaje y para las primeras construcciones, tirados por bueyes. El viaje a través de la cordillera duró un mes y medio. En varias partes tuvieron que abrir el camino a golpes de hacha, o debieron remover grandes piedras para poder pasar. “Fue tal vez el primer rodado que pasó por aquel punto”, anota el misionero.
Llegaron a Junín de los Andes en los primeros días de febrero de 1895 y estuvieron acampados en una carpa en la plaza durante cinco días bajo la lluvia torrencial. Cuando mejoró el tiempo buscó y encontró una casa deshabitada ubicada en un terreno de 50 por 50 metros y la compró. Allí armó su capilla y se alojó. Apenas pudo edificó otro rancho bastante espacioso que dividió en dos: una sección para dormitorio de los primeros niños pobres que había recogido y la otra para escuela.
Por el aislamiento del lugar y los escasos medios de comunicación Mons. Cagliero se enteró varios meses después de lo realizado por el padre Milanesio y mandó al padre Stefenelli como veedor. Éste, entusiasmado del lugar, dio las referencias más favorables, por lo que el Vicario Apostólico aprobó lo realizado y le envió un compañero, el padre Augusto Crestanello. Desde este nuevo centro los misioneros salían a recorrer las tribus y los poblados situados a lo largo del río Chimehuín, del Collon Cura, del Aluminé y por San Martín de los Andes y sus alrededores al igual que la costa de Limay hasta el Nahuel Huapi.
En su larga permanencia en Junín de los Andes, el padre Milanesio debió enfrentar otro serio problema que, si bien existía también en la región pampeana y el resto de la Patagonia, en Neuquén adquirió una gravedad particular. A medida que las tierras conquistadas a los indios eran adquiridas por los concesionarios o propietarios, los indios (y también otros modestos pobladores) eran desalojados sin consideraciones, viéndose obligados a un permanente cambio de residencia, sin que las autoridades tomaran medida alguna para impedir esos abusos.
Como sus reclamos ante las autoridades no surtían efecto, los indios recurrieron al misionero como último recurso. Numerosas presentaciones, informes, cartas dirigidas a los responsables de dar una solución a este problema, forman un grueso legajo. Citaremos algunos para completar así el esbozo de este luchador incansable en favor de los pobres y desamparados. En mayo de 1911 eleva al ministro de Agricultura un Memorial para sugerirle lo que su larga experiencia entre los indígenas le indicaba como la solución más adecuada: “En mi concepto los indios necesitan tres cosas, a saber: trabajo, tranquilidad e instrucción. Para todo esto es indispensable que se les dé tierra donde vivir y seguridad de que nadie los molestará expulsándolos de sus posesiones. De otra manera vivirán en continuo desasosiego y temor, y no podrán trabajar con amor una tierra que mañana pueden perder. De otro modo no será posible ningún sistema de educación apto para corregir sus vicios y hábitos inveterados en la inercia…”.
Sugiere a continuación que se fijen “los terrenos que el Gobierno piensa establecer para los indios”; de lo contrario, los indios volverán “a sus antiguos vicios, expuestos por la necesidad a la vagancia… privados hasta el derecho de levantar una choza que los abrigue, y sin un retazo de tierra que les dé un mendrugo para ellos y sus hijos… Un año después vuelve a insistir, esta vez ante el Director General de Tierras y Colonias, proponiendo medidas concretas para radicar a los indios y otros pobladores de escasos recursos, como ser “suspender la venta de tierras fiscales, pues con ella se favorece a 10 ricos y se desaloja y arruina a mil pobres labriegos”. En 1913 otro aldabonazo para reclamar por la suerte de los pobladores situados entre Junín de los Andes y el lago Aluminé en la que residían unos “500 indígenas y otros tantos blancos, casi todos chilenos, una docena de hacendados, que, según quejas de los indios, además de molestarlos les impiden la entrada en los bosques para buscar piñones, so pretexto de que pueden carnearle alguna res…”.
En agosto de 1915, ya retirado en su remanso de Bernal, recibe una carta del cacique Painefilu del Malleo, pidiéndole que “interponga su eficaz valimiento a fin de poder conseguir el título definitivo de propiedad de los terrenos que ocupamos. Yo acudo a Ud., que conoce nuestra situación y nos presente ante el Superior Gobierno su apoyo para que conseguido lo que pedimos podamos vivir más tranquilos y dedicarnos más de lleno a la Agricultura y Pastoreo a lo que nos animaría mucho la seguridad de que trabajamos en lo propio…”.
“Patagonia, tierra de hombres”, de Clemente Dumrauf